Towarzystwo Doktorantów Uniwersytetu Jagiellońskiego zostało założone w 1992 roku, wtedy też przyjęty został pierwszy statut Towarzystwa. Od tamtego czasu cele Towarzystwa pozostają bez zmian. Zmieniają się natomiast sposoby ich realizacji.
Aktualnie Towarzystwo jest zaangażowane na wielu płaszczyznach - reprezentuje doktorantów przed władzami uczelni, uczestniczy w przyznawaniu świadczeń pomocy socjalnej, przydziela miejsca w akademikach, organizuje szkolenia, spotkania towarzyskie i zajęcia sportowe, wspomaga finansowo badania doktorantów i prowadzi spotkania popularyzujące naukę, a także wiele innych.
W 2005 roku, w związku z wejściem w życie ustawy z dnia 27 lipca 2005 roku - Prawo o szkolnictwie wyższym, organy Towarzystwa Doktorantów zostały przekształcone w organy samorządu doktorantów UJ. Postanowiono wtedy zachować historyczną nazwę i od tej pory Towarzystwo Doktorantów Uniwersytetu Jagiellońskiego jest nazwą własną samorządu doktorantów Uniwersytetu Jagiellońskiego.
Wprowadzony ustawą z dnia 20 lipca 2018 roku - prawo o szkolnictwie wyższym i nauce nowy model kształcenia doktorantów w szkołach doktorskich zastąpił dotychczasowe studia doktoranckie. Na Uniwersytecie Jagiellońskim utworzone zostały cztery szkoły doktorskie:
- Szkoła Doktorska Nauk Humanistycznych,
- Szkoła Doktorska Nauk Medycznych i Nauk o Zdrowiu,
- Szkoła Doktorska Nauk Społecznych,
- Szkoła Doktorska Nauk Ścisłych i Przyrodniczych.
Tym samym od 1 października 2019 roku Towarzystwo Doktorantów tworzą jednocześnie dwie grupy doktorantów:
- doktoranci w szkołach doktorskich, oraz
- uczestnicy studiów doktoranckich rozpoczętych przed rokiem akademickim 2019/2020.
Towarzystwo Doktorantów oprócz reprezentowania doktorantów przed władzami UJ aktywnie współpracuje z doktorantami innych uczelni. W grudniu 2005 roku przy udziale członków TD UJ powołane zostało Porozumienie Doktorantów Uczelni Krakowskich (PDUK), a na początku 2006 roku przedstawiciele TD UJ brali udział w tworzeniu Krajowej Reprezentacji Doktorantów (KRD), która w świetle wspomnianej ustawy reprezentuje interesy doktorantów na poziomie kraju.